not available fi se
not available 2 not available
www.solunetti.fi
Framsida / Forskning / Biokemiska metoder / Elektrofores / Gelelektrofores av nukleinsyror
klass 2

Framställning av agarosgel (bild)
   
Gelelektrofores av nukleinsyror (bilder)
   

Gelelektrofores av nukleinsyror

Elektroforetisk separering av nukleinsyror bygger på deras storlek inte på deras laddning. Alla nukleinsyror innehåller nämligen negativt laddade fosfatgrupper. De stora molekylerna  vandrar långsamt genom en finporig gel medan de små nukleinsyrorna vandrar snabbare och längre.

Elektrofores av DNA och RNA utförs i polyakrylamid- eller agarosgeler. Med hjälp av polyakrylgeler kan man separera DNA-molekyler och fragment ända ner till 500 baspar. Med porösare agarosgeler kan man separera molekyler med upp till 10 000 baspar. Med pulsfältgelelektrofores (engl. pulsed-field gel electrophoresis) är det möjligt att separera DNA-molekyler som är större än 10 000 baspar. Vid denna type av elektrofores förändras det elektriska fältet hela tiden. Detta tvingar DNA-molekylerna att ändra riktning upprepade gånger, vilket leder till att de separeras från varandra enligt storlek. 

 

För att visualisera de separerade nukleinsyrorna används olika metoder. Ofta färgas de med etidiumbromid, som sätts direkt till gelen. Etidiumbromid binds mellan basparen i DNA och koncentreras därför till de områden som innehåller DNA. När man belyser gelen med UV-ljus fluorescerar etidiumbromiden i orangerött. De separerade nukleinsyrorna kan överföras från gelen till ett nitrocellulosapapper (Southern eller Northern blotting). Därefter kan man analysera dem vidare och bestämma sekvenser med hjälp av radioaktivt märkta prober (autoradiografi). 

 

 

 

                           Geelin leikkaaminen UV-valossa

                 Bilden visar hur man snittar gelen under UV-belysning.