Preparering av prov
Fixering
Ändamålet med fixeringen är att avbryta cellernas reaktioner och bibehålla deras finstruktur så nära det ursprungliga tillståndet som möjligt. Fixativet bildar bindningar mellan cellens olika strukturmolekyler, framförallt mellan proteiner och/eller lipider. Vanligen använder man två eller flera fixeringar efter varandra. Detta för att bevara cellstrukturen så bra som möjligt. Aldehyder, osmiumtetroxid och kaliumpermanganat är vanliga fixativ. Själva fixeringen kan ske på olika sätt beroende på materialet:
1. perfusionsfixering,
2. immersionsfixering
3. in situ fixering.
Dehydrering
Ifall man använder ett inbäddningsmedium, som inte är vattenlösligt, bör provet dehydreras, dvs. vattnet bör avlägsnas. Dehydreringen sker stegvis i serier med stigande koncentrationer av organiska lösningsmedel (alkohol, aceton). För djurvävnader börjar man ofta vid 70 % alkohol, för växter vid 30%. För att höja kontrasten kan man färga provet innan man startar dehydreringen. Detta kallas positiv färgning (en bloc) och man använder salter av tungmetaller såsom uranyl.
Inbäddning
För att det skall vara möjligt att snitta tunnsnitt bör vävnaden bäddas in i ett tillräckligt hårt inbäddningsmedium. I rumstemperatur är inbäddningsmediet i flytande monomerform. Man polymeriserar inbäddningsmediet vid högre temperatur eller med hjälp av UV-ljus. När mediet har polymeriserats är det hårt. Inom TEM används olika inbäddningsmedier. En del är vattenolösliga andra vattenlösliga och vissa måste frysas. Det vanligaste mediet är epoxihartser. När man använder epoxiharts måste provet genomgå ett mellanbad (t.ex. propylenoxid) som inbäddningsmediet löser sig i.
