Mitokondriens struktur
Det yttre membranet består av 50% proteiner och 50% lipider. Härvid liknar det cellmembranet. Yttermembranet har fri genomsläpplighet för molekyler med en molekylvikt på mindre än 50 kDa. Transporten av dessa små molekyler sker genom s.k. poriner (kanalproteiner), som finns i yttermembranet. Större molekyler transporteras genom yttermembranet med hjälp av aktiv transport.
Översätt bild. yttermembran; innermembran; matrix; intermembranutrymme
Det inre membranet är svårgenomsläppligt. Innermembranet innehåller betydligt mer proteiner (80%) än lipider (20%). Det inre membranet bildar många veck, som kallas kristae. Antalet kristae är direkt proportionell till energiproduktionen (den oxidativa fosforyleringen). Proteinerna som deltar i den oxidativa fosforyleringen - dvs elektrontransportkedjans enzymer och ATPas - ligger i det inre membranet. I det inre membranet finns också proteiner som deltar i transporten av ämnen genom det inre membranet dvs. transporten av proteiner in i matrix och ämnesomsättningsprodukter inåt och utåt.
Matrix (det centrala området) innehåller mitokondriens DNA, som utgör något under 1 % av hela cellens DNA. Mitokondriens DNA är cirkulärt och bundet till innermembranet. Matrix innehåller dessutom mitokondriens egna ribosomer och ett hundratal olika enzymer (bl.a. citronsyracykelns enzymer), som delvis syntetiseras av mitokondrien själv.