Peroxisomer och signalering
Peroxisomer deltar också i signaleringen. De bildar och reglerar mängderna av många signallipider i cytoplasman. Dessa lipider binder till transkriptionsfaktorer i kärnan. När transkriptionsfaktorerna aktiveras aktiveras även transkriptionen av många olika gener. Dessa geners proteinprodukter är viktiga vid däggdjurens embryonalutveckling och vid differentieringen av olika vävnader såsom fett-, hud-, hjärn- och livmodervävnader.
Växtcellernas peroxisomer frigör reaktiva syremolekyler, såsom väteperoxid och vissa radikaler samt kväveoxid. Dessa små föreningar fungerar både inom cellen och mellan cellerna i samband med signalöverföring och vid reglering av genernas transkription. Dessa gener är kopplade till peroxisomer samt ljussignalering, fotosyntes och stressreaktioner.