Sena endosomer
Sena endosomer är rundare än tidiga endosomer. De består av många membraner och de ligger närmare cellens centrum. Strukturen med de många membranerna uppstår då flere tidiga endosomer smälter samman och bildar en sen endosom. Mikrotubuler har betydelse vid bildningen av de sena endosomernas många membraner. I sena endosomer är pH lägre (mellan 5 och 6) än i tidiga endosomer och de har en avvikande proteinuppsättning i membranerna. I tidiga endosomer förekommer rab5-proteiner medan sena endosomer har rab7-proteiner. rab7-protein medverkar vid vesiklernas membranfusion.
I Golgiapparaten packas lysosomala enzymer in i särskilda klartinklädda transportvesikler. Klatrinmolekylerna stabiliserar vesiklerna. I cis-Golgi förses de lysosomala proteinerna (enzymerna) med mannos-6-fosfat (M6P). Komplexet flyttas till trans-Golgi där de känns igen av mannos-6-fosfatreceptorer (M6PR). Med hjälp av M6PR kan man identifiera denna typ av sena endosomer. M6PR återförs till Golgiapparaten.
De sena endosomernas membran innehåller en ovanlig lipid - lysobifosfatsyra (LBPA).
LBPA har förmåga att bädda in de starkt veckade membranerna, som förekommer i sena endosomer. Dessutom förekommer rikligt med LAMP-proteiner (lysosomal associated membrane protein) i de sena endosomernas membraner. LAMP-proteinernas uppgift är att skydda endosommembranerna för de nedbrytande enzymerna samt att hindra enzymerna frigörs ut i cytoplasmat.
Sena endosomer har förmåga att bryta ner många proteiner och lipider. De kan emellertid inte bryta ner allt material och till slut smälter de samman med lysosomerna. Detta leder till att LAMP-proteiner också påträffas i lysosomer. LAMP-proteinerna utgör ca 50% av membranproteinerna i sena endosomer och lysosomer - dvs det vanligaste membranproteinet. Man skiljer sena endosomer från lysosomer på grund av att de förra har M6RP-receptorer i sina membraner medan de senare saknar dessa. M6RP-receptorerna återförs nämligen från de sena endosomerna till Golgi.
Myöhäiset endosomit hajottavat monia proteiineja ja lipidejä, mutta eivät kuitenkaan pysty hajottamaan kaikkea materiaalia, minkä vuoksi ne lopuksi yhdistyvät lysosomien kanssa. Tätä kautta lysosomeihin kulkevat myös LAMP-proteiinit, joiden avulla myöhäiset endosomit ja lysosomit voidaan tunnistaa. LAMP:t ovat myöhäisten endosomien ja lysosomien kalvojen suurin proteiiniryhmä muodostaen jopa 50 % kalvoproteiineista. Lysosomit ja myöhäisen endosomit voidaan erottaa toisistaan sen perusteella, että M6PR-reseptorit on myöhäisestä endosomista kierrätetty takaisin Golgin laitteelle eikä niitä siten ole lysosomeissa.