Vasta-aineet
Vasta-aineiden spesifisyydestä vastaavat molekyylin ”käsivarsien” päissä olevien antigeeniä sitovien kohtien aminohapot. Yksittäisen IgG-molekyylin antigeenin sitoutumiskohdasta vastaavat molekyylin kolmiulotteisessa rakenteessa sekä raskaiden että kevyiden ketjujen vaihtelevista alueista, ja ne ovat keskenään identtisiä.
Sekä raskaiden että kevyiden ketjujen vaihtelevilla alueilla on kolme pienempää aluetta (hypervariable regions, hv-alueet), joilla aminohappojen vaihtelevuus on erityisen suurta. Nämä alueet vaikuttavat erityisesti antigeenia sitovan kohdan kolmiulotteiseen muotoon, mikä mahdollistaa eri vasta-aineiden sitoutumisen erimuotoisiin antigeenimolekyyleihin.
Vasta-aineiden antigeenia sitovien kohtien kolmiulotteinen rakenne on komplementaarinen tietylle antigeenin kohdalle, ns. epitoopille. Koska antigeenin ja vasta-aineen sitoutumiskohdat vastaavat tarkasti toisiaan, niiden välinen sitoutuminen on varsin vahvaa, vaikka sitoutumisesta vastaavat lähinnä heikot sidokset. Vasta-ainemolekyylin raskaiden ketjujen joustavat ”sarana-alueet” mahdollistavat sitoutumisen kahteen eri antigeenimolekyylin samanaikaisesti tai vaihtoehtoisesti sitoutumisen yhden antigeenin erillisiin mutta identtisiin epitooppeihin.
