 |
Kuvia kaksiulotteisesta PAGE:sta |
Kaksiulotteinen PAGE
Kaksiulotteisella polyakryyliamidigeelielektroforeesilla (engl. two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis, 2D-PAGE) tarkoitetaan analyysiä, jossa samasta näytteestä ajetaan geelissä ensin isoelektrinen fokusointi ja sitten SDS-PAGE toisiaan vastaan kohtisuorissa suunnissa. Menetelmän erotuskyky on yksiulotteista geelielektroforeesia parempi, ja sillä pystytään erottelemaan samanaikaisesti huomattavan suuria määriä erilaisia proteiineja toisistaan.
Isoelektrinen fokusointi erottelee proteiinit niiden isoelektrisen pisteen perusteella. Ajo suoritetaan ohuessa kapillaariputkessa, johon valettuun geeliin muodostetaan pH gradientti liuosten avulla sähkökentässä. Kun proteiinit joutuvat gradienttiin sähkökentässä, ne liikkuvat varauksensa mukaisesti joko anodia tai katodia kohti. Ne lähestyvät omaa isoelektristä pistettään, jossa niiden nettovaraus on nolla, ja pysähtyvät siihen.
Tämän jälkeen samasta näytteestä ajetaan SDS-PAGE kohtisuorassa suunnassa, jolloin isoelektrisen pisteensä mukaisesti erottuneet proteiinit erottuvat toisistaan vielä molekyylipainonsa mukaan. Proteiinivyöhykkeet paikannetaan geelistä sopivalla menetelmällä (proteiinivärjäys tai Western blottaus) analysointia varten.
Esimerkki kaksiulotteisesta ajosta. Kuvassa on kuivattu geeli, jossa proteiinikompleksit on eroteltu ensin toisistaan vaakasuorassa ajossa vihreän nuolen suuntaisesti, jonka jälkeen kompleksien sisältämät proteiinit on eroteltu toisistaan sinisen nuolen suuntaisessa ajossa.
