Glukoneogeneesi
Ensimmäinen glukoneogeneesin omista reaktioista on pyruvaatin muuttaminen fosfoenolipyruvaatiksi. Maksan soluissa mitokondriot osallistuvat tähän - toisin kuin glykolyysiin, jonka reaktiot tapahtuvat solulimassa. Mitokondrion reaktioiden kautta myös siirretään mitokondriosta solulimaan NADH:ta, joka käytetään glukoneogeneesin myöhemmissä vaiheissa.
Sitruunahappokierron yhdisteistä monta voidaan myös käyttää glukoosin valmistukseen ja ne liittyvät glukoneogeneesiin oksaloasetaatin kautta. Oksaloasetaatti muutetaan suoraan fosfoenolipyruvaatiksi reaktiossa, jossa oksaloasetaatista poistetaan yksi hiili hiilidioksidina. Myös aminohapot voivat toimia glukoneogeneesin hiililähteenä sitruunahappokierron kautta. Rasvahapoista sen sijaan ei nisäkkäissä valmisteta glukoosia, sillä rasvahappoja hajotetaan osikseen vain b-oksidaatiossa. Rasvahappojen hapetuksesta saadaan kuitenkin ATP- ja NADH-molekyylejä, joiden avulla glukoosia voidaan valmistaa.
Kasvien siemenissä glukoneogeneesin lähtöaineina toimivat rasvat ja proteiinit, sillä eläinsoluista poiketen kasvisolut pystyvät muuttamaan rasvahappojen hapetuksessa syntyvän asetyyli-KoA:n glukoosiksi. Kasvisolussa nämä reaktiot tapahtuvat peroksisomin tyyppisessä organellissa, glyoksisomissa. Kun reaktiot on eristetty omaan organelliinsa, ne eivät mene sekaisin mitokondriossa tapahtuvan b-oksidaation reaktioiden kanssa.