not available fi se
not available 2 not available
www.solunetti.fi
Etusivu / Tutkimus / Biokemiallisia menetelmiä / Elektroforeesi / Nukleiinihappojen geelielektroforeesi
taso 2

Kuvia agaroosigeelin valmistuksesta
   
Kuvia nukleiinihappojen geelielektroforeesista
   

Nukleiinihappojen geelielektroforeesi

Nukleiinihappojen erottelu elektroforeettisesti perustuu niiden kokoon, eikä varaukseen, koska kaikki nukleotidit sisältävät negatiivisesti varautuneita fosfaattiryhmiä. Suurten molekyylien vauhti hidastuu eniten niiden kulkiessa pienten geelihuokosten läpi, kun taas pienemmät nukleiinihapot ajautuvat nopeammin ja pidemmälle.

 

DNA:n ja RNA:n elektroforeesi suoritetaan polyakryyliamidi- tai agaroosigeeleissä. Polyakryyliamidigeelejä käytetään erottelemaan DNA molekyylejä ja fragmentteja 500 emäspariin asti, kun huokoisemmissa agaroosigeeleissä voidaan erotella jopa 10 000 emäsparin pituisia molekyylejä. Yli 10 000 emäsparin kokoisia DNA molekyylejä voidaan erotella nk. pulssikenttägeelielektroforeesilla (engl. pulsed-field gel electrophoresis), jossa sähkökentän suuntaa muutetaan alituisesti. Tämä pakottaa DNA molekyylit muuttamaan suuntaansa toistuvasti, mikä johtaa niiden erottumiseen toisistaan koon perusteella.

 

Geelielektroforeesilla eroteltujen nukleiinihappojen visualisointiin voidaan käyttää useita eri menetelmiä. Yleisin menetelmä lienee värjäys etidiumbromidilla, jota voidaan lisätä suoraan geeliin. Se sitoutuu DNA:n emäsparien väliin konsentroituen DNA:ta sisältäviin vyöhykkeisiin. Kun geeliä valaistaan UV-valolla, etidiumbromidi fluoresoi oranssinpunaisena. Erotellut nukleiinihapot voidaan myös siirtää geeliltä nitroselluloosapaperille (Southern tai Northern blotting) spesifisten sekvenssien tunnistamista varten radioaktiivisesti leimatuilla koettimilla (autoradiografia).

 

 

 

                           Geelin leikkaaminen UV-valossa

                             Geelin leikkausta UV-valossa