Fluoresenssimikroskopia
Fluoresoivia yhdisteitä voidaan käyttää useilla eri tavoilla solu- ja molekyylibiologisessa tutkimuksessa. Yleisimmin fluorokromi liitetään (konjugoidaan) kovalenttisesti vasta-aineeseen. Saatua fluoresoivaa vasta-ainetta voidaan käyttää osoittamaan halutun proteiinin (eli ko. vasta-aineen antigeenin) sijainti solussa. Tekniikkaa kutsutaan immunofluoresenssiksi.
Fluorokromeja voidaan käyttää hyödyksi lukemattomissa sovelluksissa, kuten esimerkiksi paikantamaan DNA- tai RNA-molekyyleistä spesifisiä sekvenssejä (fluorescence in situ hybridization) sekä monien solun sisäisten prosessien reaaliaikaisessa visualisoinnissa.