Aerobinen energiantuotto
Ennen sitruunahappokiertoa pyruvaatista lohkaistaan irti yksi sen kolmesta hiiliatomista ja tähän kaksihiiliseen molekyyliin liitetään koentsyymi A, jolloin muodostuu asetyyli-KoA (tapahtuu nk. pyruvaatin oksidatiivinen dekarboksylaatio). Asetyyli-KoA on yhteinen välivaihe glukoosin ja rasvahappojen hapetuksessa ja tästä eteenpäin molemmat kulkevat samaa reittiä sitruunahappokiertoon. Eukaryoottisoluissa nämä reaktiot tapahtuvat mitokondriossa.
Pyruvaatin dekarboksylaatio, rasvahappojen β-oksidaatio ja sitruunahappokierto tapahtuvat mitokondrion matriksissa. Suurin osa ATP:stä muodostuu oksidatiivisessa fosforylaatiossa, joka tapahtuu mitokondrion sisäkalvolla. Runsaasti energiaa tuottavien solujen mitokondrioissa onkin huomattavan paljon kristoja, sisäkalvon poimuja.