Näytteen valmistus
Fiksaatio
Fiksaation tarkoituksena on pysäyttää solun toiminnot, sekä säilyttää solun hienorakenne mahdollisimman alkuperäisenä. Fiksatiivit muodostavat sidoksia solun eri rakennemolekyylien välille, pääasiassa proteiinien ja/tai lipidien välille. Tavallisesti käytetään kahta tai useampaa fiksatiivia, jotta eri rakenteiden säilyvyys olisi mahdollisimman tehokasta. Yleisimpiä fiksatiiveja ovat aldehydit, osmiumtetroksidi ja kaliumpermanganaatti. Fiksaatiotapoina käytetään käsiteltävästä materiaalista riippuen perfuusio-, immersio- tai in situ fiksaatiota.
Dehydraatio
Jos tutkittava näyte valetaan leikkausta varten veteen liukenemattomaan valuaineeseen, näytteestä tulee poistaa vesi, eli se dehydroidaan. Dehydraatio suoritetaan asteittain orgaanisesta liuottimesta (alkoholi, asetoni) tehdyssä nousevassa liuossarjassa. Eläinkudosten dehydraatio aloitetaan yleensä 70%, kasvisolukkojen 30% liuoksesta. Näytteen kontrastia voidaan haluttaessa lisätä ennen dehydraatiota suoritettavalla positiivisella värjäyksellä (en bloc) käyttämällä raskasmetallisuoloja, kuten uranyyliä.
Valaminen
Ohutleikkausta varten tutkittava materiaali tulee valaa riittävän kovaan valuaineeseen. Valuaine on huoneenlämmössä liuoksena monomeerimuodossa, ja se kovetetaan eli polymeroidaan korkeammassa lämpötilassa tai UV-valossa leikkausta varten. Elektronimikroskopiassa on käytössä useita erilaisia valuaineita, kuten veteen liukenemattomat, vesiliukoiset sekä pakkasessa käytettävät valuaineet. Yleisimmin käytössä olevat valuaineet ovat epoksihartseja. Veteen liukenemattomia valuaineita käytettäessä näyte käsitellään dehydraation jälkeen nk. väliliuottimella (esim. propyleenioksidi), johon valuaine liukenee.
