not available fi se
not available 2 3
www.solunetti.fi
Etusivu / Koostumus / Proteiinit / Proteiinien rakenne / Sekundaarirakenne
taso 2

Sekundaarirakenne

Proteiinin sekundaarirakenne muodostuu aminohappoketjun poimuttuessa kolmiulotteiseen rakenteeseensa. Polypeptidiketju ei voi laskostua vapaasti mihin tahansa kolmiulotteiseen muotoon, vaan molekyylin sisäiset heikot vuorovaikutukset ja steeriset esteet vaikuttavat rakenteen muodostumiseen. Proteiinin laskostuminen sekundaarirakenteeseen määrittyy suurelta osin polypeptidiketjun sisältämien aminohappojen polaaristen ja hydrofobisten sivuketjujen sijoittumisesta proteiinissa. Hydrofobiset sivuketjut pyrkivät molekyylin sisäosiin, kun vastaavasti polaariset sivuketjut pyrkivät molekyylin pinnalle, jossa ne pyrkivät vuorovaikutukseen muiden polaaristen molekyylien ja veden kanssa.

 

Proteiinien sekundaarirakenteissa esiintyy tiettyjä konformaatioita, joista yleisimmät ovat α-heliksi ja β-laskos. Alfaheliksi muodostuu, kun polypeptidirunko muodostaa kiertävän sylinterimäisen rakenteen, jossa aminohappojen sivuketjut suuntautuvat ulospäin. Helikaalista rakennetta stabiloivat aminohappojen NH- ja CO-ryhmien välille muodostuvat vetysidokset. Alfaheliksissä on yhtä täyttä kierrosta kohden 3,6 aminohappoa, mikä vastaa 0,56 nm:n nousua akselin suuntaisesti. Vierekkäisten aminohappojen välinen etäisyys on 0,15 nm.

 

Toinen proteiinien sekundaarirakenne on beetalaskos (syn. beetakonformaatio), jossa polypeptidiketju on laskostunut vekkimäisesti. Beetalaskoksessa vierekkäisten aminohappojen sivuketjut osoittavat vastakkaisiin suuntiin, ja polypeptidiketjut esiintyvät lähes täydessä mitassaan. Rinnakkaiset beetalaskokset voivat muodostaa ns. beetalevyn, jossa polypeptidiketjut voivat kulkea edestakaisin joko paralleelisti (yhdensuuntainen amino- ja karboksyyliryhmien orientaatio) tai antiparalleelisti (vastakkainen amino- ja karboksyyliryhmien orientaatio). Beetalevyä stabiloivat polypeptidiketjujen NH- ja CO-ryhmien välille pituussuuntaan nähden poikittain muodostuvat vetysidokset. Beetalevyllä on hyvä vetolujuus, ja mm. silkkiproteiinin rakenteesta suurin osa on beetalevymuodossa.