Mutaatiot
Suunniteltu mutaatio toteutetaan geeniin yleensä siten, että valmistetaan oligonukeotidi, jossa geenin sekvenssi on muutettu haluttujen nukleotidien osalta. Myös tällainen hieman alkuperäisestä sekvenssistä poikkeava oligonukleotidi sitoutuu alkuperäisen geenin yksijuosteiseen muotoon (kun sekvenssit ovat näitä muutamaa muutettua nukleotidia lukuunottamatta komplementaariset) ja sitä voidaan käyttää alukkeena DNA-polymeraasille. Näin voidaan tuottaa DNA:ta, jossa on geeni muutettuna haluttujen nukleotidien osalta. Muokattu geeni voidaan kloonata (kiinnittää vektoriin ja viedä soluun), jolloin mutaation merkitys geenin koodaamalle proteiinille voidaan selvittää. Mutaatio voidaan toteuttaa myös geenin säätelyalueelle, jolloin voidaan havaita sen vaikutus geenin ilmentymiselle.
Alukkeet ovat yleensä noin 20 nukleotidiä pitkiä synteettisesti tuotettuja oligonukleotidejä - lyhyitä yksijuosteisia DNA-molekyylejä. Oligonukleotidejä käytetään mutaatioiden toteuttamisen lisäksi myös moniin muihin tarkoituksiin, kuten nukleiinihappojen monistamiseen PCR:llä. Leimattuja oligonukleotidejä tarvitaan mm. hybridisaation koettimina ja joidenkin sekvensointimenetelmien osana.
