Proteasomer
De enzymer (ubikvitinligaser), som fäster ubikvitin vid proteinerna, är av stor betydelse för proteinernas orientering mot proteasomerna och den degradering som sker i dem.
I cytoplasman finns hundratals olika ubikvitinligaser, som specifikt styr nivåerna av olika proteiner. Cytoplasmans proteiner degraderas därför på ett mycket specifikt sätt.
Vissa specialegenskaper hos proteinerna avgör hur snabbt ubikvitin fäster vid dem och med vilken hastighet de degraderas. Nedbrytningshastigheten påverkas bl.a. av proteinets N-terminala aminosyra. Kortlivade proteiners N-terminala aminosyra är ofta positivt laddad medan laddningen hos långlivade proteiner är liten.
Vissa proteiner har speciella aminosyrasekvenser, som styr dem mot en snabb degradering. Exempel på detta är cellcykelns cykliner. Signalproteinernas livslängd och halt i cytoplasman regleras genom posttranslationell modifikation (såsom fosforylering), vilket styr dem mot degradering. Vissa gamla proteiner kan denatureras partiellt, varvid det uppstår hydrofoba aminosyror ur deras inre. Detta leder vidare till proteinernas degradering.
Ubikitiini kiinnittyy yleensä johonkin hajotettavan proteiinin lysiiniin. On myös olennaista mihin lysiinitähteeseen ubikitiini kiinnittyy, sillä tiettyihin lysiineihin kiinnittyneet ubikitiinit saattavatkin ohjata proteiinin johonkin muuhun tehtävään kuin hajotettavaksi. Joihinkin lysiinitähteisiin kiinnittynyt ubikitiini voi esimerkiksi olla signaali DNA:n korjaukselle tai transkriptiotekijöiden aktivaatiolle. Toisaalta vain yhden ubikitiinin kiinnittäminen proteiiniin voi toimia signaalina endosytoosissa tai histonisäätelyssä.
