Lysosom
Gemensamt för både lysosomer och sena endosomer är att deras membraner innehåller LBPA-lipider och LAMP-proteiner. Lysosomer innehåller ca fyra gånger mer nedbrytande enzymer än sena endosomer. Största delen av proteinnedbrytningen sker emellertid i de sena endosomerna och i "hybridorganellerna", som består av sena endosomer och lysosomer. Detta har lett till att man börjat uppfatta lysosomerna enbart som enzymförråd, som hämtar enzymer till hybridorganellen. Den traditionella synen på lysosomerna som den nedbrytande organellen är tydligen under omprövning
Lysosomer identifieras oftast med hjälp av sura hydrolaser och LAMP-proteiner. Till skillnad från sena endosomer innehåller lysosomer varken mannos-6-fosfatreceptorer (M6PR) eller cirkulerande cellmembranreceptorer. Detta gör det möjligt att skilja de två organellerna åt.
Både M6PR och cellmembranreceptorerna återförs från de sena endosomer till dels Golgiapparaten och dels cellmembranen.
