Immunofluoresenssi
Fluoresoivasti leimattuja proteiineja voidaan käyttää tutkittaessa elävissä soluissa tapahtuvia dynaamisia prosesseja. Spesifinen fluorokromi voidaan esimerkiksi liittää tiettyyn solun proteiiniin, kuten aktiiniin tai tubuliiniin, ja injektoida proteiini elävään soluun. Leimatun proteiinin liittymistä osaksi elävän solun solutukirankaa voidaan seurata fluoresenssimikroskoopilla tiettynä ajanjaksona.
Viime vuosina ovat yleistyneet yhdistelmä-DNA-tekniikkaan perustuvat menetelmät, joissa meduusasta (Aequorea victoria) eristetyn vihreän fluoresoivan proteiinin (green fluorescent protein, GFP) koodaava alue liitetään osaksi tutkittavan proteiinin koodaavaa aluetta. Kun tällainen rekombinantti-DNA transfektoidaan soluihin, ne tuottavat kimeeristä, fluoresoivaa proteiinia, joka voidaan paikantaa soluista mikroskooppisesti. Näin saadaan tietoa kyseisen proteiinin osallisuudesta solun normaaleihin toimintoihin.
GFP:sta on GFP-geenin kohdennetun mutageneesin avulla tuotettu useita eri variantteja, jotka fluoresoivat eri väreissä (BFP, blue; YFP, yellow; CPF, cyan). Kahden eri GFP-variantin samanaikainen käyttö mahdollistaa yhä informatiivisempien proteiini-interaktioiden tutkimisen.
